Trường Đại học Phú Xuân được thành lập bởi Hội Khuyến học Thừa Thiên – Huế ngày 11/7/2003, theo Quyết định số 140/2003/QĐ-TTg của TT Chính phủ.
Từ năm 2003 – 2018, Trường Đại học Phú Xuân vinh dự khi được nhà giáo TS. Nguyễn Đình Ngộ nguyên là Phó Chủ tịch UBND Tỉnh Thừa Thiên Huế, nguyên trưởng ty giáo dục Tỉnh và là Đại biểu quốc hội liên tục 3 khoá trở thành Hiệu trưởng nhà trường.
Năm 2018 đánh dấu một bước chuyển mình mạnh mẽ của Trường Đại học Phú Xuân với việc nhận đầu tư từ Tổ chức giáo dục EQuest. Trong đó nhấn mạnh: Thái độ – Kĩ năng – Kiến thức là nền tảng cốt lõi trong triết lý đào tạo, đồng thời tập trung đào tạo dựa trên nhu cầu của nền kinh tế, định hướng tri thức nghề nghiệp. Từ ngày 23/12/2018, Trường chuyển đổi loại hình trường từ dân lập sang tư thục theo quyết định số 1812/QĐ–Ttg do Thủ tướng Chính phủ quyết định.
Trường Đại học Phú Xuân cũng là một trong những đơn vị luôn nhận được sự quan tâm, chỉ đạo trực tiếp của Bộ Giáo dục & Đào tạo, Tỉnh uỷ, UBND tỉnh Thừa Thiên Huế. Bên cạnh đó là sự hỗ trợ của Đại học Huế và các trường thành viên, Tổng cục du lịch, các tổ chức phi chính phủ như: Quỹ học bổng Đông Nam Á, Tổ chức VHI…Hiện nay, với tổng diện tích đất xây dựng 30.400 m2, Trường Đại học Phú Xuân có 3 cơ sở chính tọa lạc tại thành phố Huế với khu học tập bao gồm giảng đường, kí túc xá và thư viện tiện nghi, hiện đại.
Viện Kinh doanh và Công nghệ NBS được thành lập tháng 12/2023 theo Quyết định số 18/2023/QĐ-PXU-HĐT ngày 01/12/2023 của Chủ tịch Hội đồng Trường Đại học Phú Xuân với mục tiêu đưa các dịch vụ đào tạo của Trường đại học Phú Xuân tiếp cận tới đông đảo người học. Triết lý của NBS là “Education for the massess”. Chính vì vậy mà các thầy cô của NBS không ngừng đổi mới, sáng tạo về nội dung, hình thức và phương pháp truyền tải các kiến thức, kỹ năng, thái độ nhằm song hành cùng người học kiến tạo nghề nghiệp vì một tương lai tốt đẹp hơn!
Quyết định số 18/2023/QĐ-PXU-HĐT ngày 01/12/2023 của Chủ tịch Hội đồng Trường Đại học Phú Xuân về việc thành lập Viện Kinh doanh và Công nghệ NBS